Банк белковых структур PDB - крупнейший в Сети центр накопления и хранения информации об изученных структурах белков. При обращении к ссылке открывается старица, верхнюю часть которой Вы видите.Кроме привычных для любого приличного сайта краткого описания, пояснения возможностей PDB и способов контактов с разработчиками, важнейшей для пользователя является система поиска интересующей молекулы (в центре - Search the Archive). Осуществляется это несколькими способами:

1) По известному индексу. Если Вы посещаете сайт не первый раз и Вам уже известен принятый здесь код интересующей молекулы (PDB ID), например: 1A7W - молекула гистона; 1BGX - РНК-полимераза, 1ITB - иммуноглобулин. Тогда код с клавиатуры вводится в окно поиска, и остается нажать Site Search.

На сайте размещен графический каталог наиболее важных (популярных) молекул с их PDB ID "Molecular Machinery: A Tour of the Protein Data Bank", нарисованный David S. Goodsell ( формат А4 - 5 Мб,  формат постера (А1, лист ватмана) - 31 Мб).
Если есть возможность распечатать - получается отличная таблица для кабинета биологии; в больших городах стоимость распечатки постера составляет $12-18.

Остается выбрать из предложенного списка файлов нужный (понравившийся) и нажать левой кнопкой мыши EXPLORE, ссылки в таблице работают!) .

3. Поиск по биологической роли и другим признакам. Это своего рода экспертная система, которая открывается при нажатии на Advanced Search. В ней можно последовательно уточнять запросы поиска по месту в базе, по особенностям состава и даже биологической активности. Количество структур, найденных по таким уточненным запросам, будет постоянно уменьшаться (иногда до 0...); есть также анимированная подсказка, Advanced Search Tutorial (Requires Flash).

В результате Вы также попадете на страницу с общей информацией об этой молекуле Summary Information и сможете перейти к загрузочной странице, нажав на гиперссылку Download/Display File (слева на голубом фоне).

В нижней части открывшейся страницы есть таблица, в которой и находятся PDB-файлы. Можно сохранять как файлы без архивации (none), так и заархивированные Unix (Unix compressed), GNU zipped ("gzipped") или обычным ZIPом (ZIPped, самый предпочтительный вариант по соотношению "Простота/Скорость загрузки"). Нажатие правой кнопки мыши на нужной ссылке вызывает меню, в котором выбирается "Сохранить объект как…" и указывается директория на Вашем жестком диске, в которую будет скопирован файл. Внимание! Заархивированные ZIP-файлы могут скачиваться без расширения и не всеми версиями архиватора узнаваться! Избежать стресса легко - надо добрать после названия файла требуемое расширение (.zip). Таблица в нижней правой части страницы Download/Display File выглядит так (ссылки работают для гемоглобина а, код PDB ID 1BIJ):

Choose from the following file and compression formats:

В новых вариантах оформления сайта значительно расширены возможности онлайнового представления молекул в разделе View Structure (Просмотр структуры). Предлагается возможность рассмотреть молекулу, страница которой открыта, в разных программах, в т.ч. и в упрощенной Java-версии QuickPDB.

Это минимальный набор последовательностей действий, который может понадобиться практически не знающему английского языка пользователю, чтобы найти и скачать интересующую молекулу белка из Банка белковых структур PDB. Экскурсовод оставляет желающих побродить по россыпям ресурсов самостоятельно.
Успехов и интересных находок!