Навигация

Поиск молекул в Банке белковых структур PDB

Главная
Об авторе
     Урочное:
Биология + компьютер:
         полные уроки по типам
Компьютерные программы
         на уроках
 Биософт                 Планшет
 Учебные рисунки и
           карикатуры
 Фотографии           Проекты
 Художественная
         литература на уроке
 Наглядные пособия
 Олимпиадное
 Книги и статьи
 ''Биология-10'':
         попытка учебника
 ''Игра и биология''
 ''Информационная
       культура и/или компьютер
       на уроках биологии''
 ИУМК ''Экология.          Конструирование
         биосферы''
 Проектно-ролевая игра
         ''Генная инженерия''
 ''Библейская генетика''
 Рабочие тетради
         по общей биологии
 Педагогическое
 Блог
Главная
Об авторе
     Урочное:
Биология + компьютер:
         полные уроки по типам
Компьютерные программы
         на уроках
 Биософт
 Учебные рисунки
         и карикатуры
 Фотографии
 Художественная
         литература на уроке
 Наглядные пособия
 Олимпиадное
 Книги и статьи
 ''Биология-10'':
         попытка учебника
 ''Игра и биология''
 ''Информационная
       культура и/или компьютер
       на уроках биологии''
 ИУМК ''Экология.          Конструирование
         биосферы''
 Проектно-ролевая игра
         ''Генная инженерия''
 ''Библейская генетика''
 Рабочие тетради
         по общей биологии
 Педагогическое
 Блог

Банк белковых структур PDB - крупнейший в Сети центр накопления и хранения информации об изученных структурах белков. При обращении к ссылке открывается старица, верхнюю часть которой Вы видите.Кроме привычных для любого приличного сайта краткого описания, пояснения возможностей PDB и способов контактов с разработчиками, важнейшей для пользователя является система поиска интересующей молекулы (в центре - Search the Archive). Осуществляется это несколькими способами:

1) По известному индексу. Если Вы посещаете сайт не первый раз и Вам уже известен принятый здесь код интересующей молекулы (PDB ID), например: 1A7W - молекула гистона; 1BGX - РНК-полимераза, 1ITB - иммуноглобулин. Тогда код с клавиатуры вводится в окно поиска, и остается нажать Site Search.

На сайте размещен графический каталог наиболее важных (популярных) молекул с их PDB ID "Molecular Machinery: A Tour of the Protein Data Bank", нарисованный David S. Goodsell ( формат А4 - 5 Мб,  формат постера (А1, лист ватмана) - 31 Мб).
Если есть возможность распечатать - получается отличная таблица для кабинета биологии; в больших городах стоимость распечатки постера составляет
$12-18.

После нажатия на Site Search Вы сразу попадете на страницу с общей информацией об этой молекуле (Summary Information), на которой можно ознакомиться с этой информацией (и сохранить ее при необходимости), и перейти к загрузочной странице, нажав на гиперссылку Download/Display File (слева на голубом фоне).

2) Через поисковую систему по названию. Можно воспользоваться той же поисковой строкой и ввести ключевое слово (слова), после чего нажать Site Search. Например, если Вас интересуют токсины змеиных ядов, имеет смысл именно здесь ввести слово toxin и среди найденных выбрать интересующие (хотя список будет весьма длинным...).

Результаты поиска выводятся на странице Query Result Browser. Кроме общих сведений о результатах поиска и окон для новых поисков, на ней выводятся первые 10 из найденных в соответствии с запросом белков и их краткие описания. Ниже приводится часть такого списка, полученного при вводе слова Prion (белок, печально известный как причина "коровьего бешенства", энцефалопатий):

1AG2 Deposited: 31-Mar-1997  Exp. Method: NMR, Minimized Average Structure { EXPLORE }
Compound Mol_Id: 1; Molecule: Major Prion Protein; Chain: Null; Fragment: Domain 121 - 231; Synonym: Prp(121-231); Engineered: Yes
1B10 Deposited: 25-Nov-1998  Exp. Method: NMR, 25 Structures { EXPLORE }
Compound Mol_Id: 1; Molecule: Prion Protein; Chain: A; Fragment: 90 - 231; Synonym: Sha Rprp90-231; Engineered: Yes
1CR9 Deposited: 14-Aug-1999  Exp. Method: X-ray Diffraction  Resolution: 2.00 Å { EXPLORE }
Compound Mol_Id: 1; Molecule: Fab Antibody Light Chain; Chain: L; Fragment: Heavy Chain; Synonym: Anti-Prion Fab 3F4
Mol_Id: 2; Molecule: Fab Antibody Heavy Chain; Chain: H; Fragment: Light Chain; Synonym: Anti-Prion Fab 3F4
1CU4 Deposited: 20-Aug-1999  Exp. Method: X-ray Diffraction  Resolution: 2.90 Å { EXPLORE }
Compound Mol_Id: 1; Molecule: Fab Light Chain; Chain: L; Fragment: Fab Antibody 3F4, Light Chain; Synonym: Anti-Prion Fab 3F4
Mol_Id: 2; Molecule: Fab Heavy Chain; Chain: H; Fragment: Fab Antibody 3F4, Heavy Chain; Synonym: Anti-Prion Fab 3F4
Mol_Id: 3; Molecule: Recognition Peptide; Chain: P; Engineered: Yes

Остается выбрать из предложенного списка файлов нужный (понравившийся) и нажать левой кнопкой мыши EXPLORE, ссылки в таблице работают!) .

3. Поиск по биологической роли и другим признакам. Это своего рода экспертная система, которая открывается при нажатии на Advanced Search. В ней можно последовательно уточнять запросы поиска по месту в базе, по особенностям состава и даже биологической активности. Количество структур, найденных по таким уточненным запросам, будет постоянно уменьшаться (иногда до 0...); есть также анимированная подсказка, Advanced Search Tutorial (Requires Flash).

В результате Вы также попадете на страницу с общей информацией об этой молекуле Summary Information и сможете перейти к загрузочной странице, нажав на гиперссылку Download/Display File (слева на голубом фоне).

В нижней части открывшейся страницы есть таблица, в которой и находятся PDB-файлы. Можно сохранять как файлы без архивации (none), так и заархивированные Unix (Unix compressed), GNU zipped ("gzipped") или обычным ZIPом (ZIPped, самый предпочтительный вариант по соотношению "Простота/Скорость загрузки"). Нажатие правой кнопки мыши на нужной ссылке вызывает меню, в котором выбирается "Сохранить объект как…" и указывается директория на Вашем жестком диске, в которую будет скопирован файл. Внимание! Заархивированные ZIP-файлы могут скачиваться без расширения и не всеми версиями архиватора узнаваться! Избежать стресса легко - надо добрать после названия файла требуемое расширение (.zip). Таблица в нижней правой части страницы Download/Display File выглядит так (ссылки работают для гемоглобина а, код PDB ID 1BIJ):

Choose from the following file and compression formats:

      file format
      compression PDB mmCIF
      none X X
      Unix compressed X X
      GNU zipped ("gzipped") X X
      ZIPped X X

В новых вариантах оформления сайта значительно расширены возможности онлайнового представления молекул в разделе View Structure (Просмотр структуры). Предлагается возможность рассмотреть молекулу, страница которой открыта, в разных программах, в т.ч. и в упрощенной Java-версии QuickPDB.

Это минимальный набор последовательностей действий, который может понадобиться практически не знающему английского языка пользователю, чтобы найти и скачать интересующую молекулу белка из Банка белковых структур PDB. Экскурсовод оставляет желающих побродить по россыпям ресурсов самостоятельно.
Успехов и интересных находок!

   

Hosted by uCoz