Небольшой экскурс в историю кодов можно прочитать здесь:
Общие свойства кодов
СВОЙСТВА ГЕНЕТИЧЕСКОГО КОДА
Для
"перевода" с языка азотистых оснований нуклеиновых кислот (ДНК и РНК) на язык
белков (последовательность аминокислот в полипептидной цепи) можно
воспользоваться
Таблицей генетического кода или онлайновой машиной-переводчиком (EMBOSS
Transeq), созданной в Европейском институте биоинформатитки (European
Bioinformatics Institute). Протеиновая машина расположена по адресу
http://www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/. На рисунке ниже
представлена рабочая часть машины-переводчика.
Под
названием вы видите ссылку на таблицу
генетического кода, список для выбора типа кода
(по умолчанию - Standard, об этом списке
см.
ниже) и поле для ввода
последовательности нуклеотидов ДНК (Enter or
Paste a nucleic acid Sequence). Перевод
осуществляется нажатием на расположенную ниже
кнопку Run.
При
этом программа переходит на новую страницу, на
которой представлены условия выбора и результаты
ее работы - создана последовательность
аминокислот полипептида, закодированная
введенной вами
иРНК.
При этом указывается, из скольких звеньев
состояла иРНК, сколько
аминокислот в полипептидной цепочке, что это за
аминокислоты (RDLCCVX
- последовательность Аргинин -
Аспарагиновая кислота - Лейцин - Цистеин -
Цистеин - Валин, см.
условные обозначения).
Выбор в стартовом окне в списке Colour
позволяет (на новой странице с отчетом) увидеть
полипептидную цепь, в которой отдельные
аминокислоты имеют разный цвет в зависимости от
их свойств. Выбор в списке Reverse
позволяет определить аминокислотную
последовательность не по иРНК (или по
комплементарной нити ДНК) , а по смысловой нити
ДНК. В списке Region
определяется, с какого нуклеотида надо начинать
считывание информации (с первого в триплете или
с другого).
1. Триплетность - каждая
аминокислота кодируется тремя нуклеотидами. Три
нуклеотида, являющиеся единицей кода, называются
триплетом, или
кодоном.
Генетический код не может быть одинарным, т.к.
нуклеотидов ДНК всего 4, а аминокислот - 20.
Кодировать аминокислоты двумя нуклеотидами
каждую также недостаточно, т.к. возможно только
42 = 16 вариантов. Следующий
логически вариант - кодировать аминокислоту
тремя нуклеотидами, т.к. возможно 43
= 64 варианта.
Откройте страницу
EMBOSS Transeq, скопируйте через буфер
обмена приведенную ниже последовательность
нуклеотидов в окно Enter or Paste a
nucleic acid Sequence
auguccagagcauacccguauucu
или наберите в нем свою последовательность, и
переведите приведенную последовательность
в белок, нажав кнопку кнопку
Run.
2. Триплеты не отграничены друг от
друга, но есть сочетания нуклеотидов, обозначающих "точку", конец считывания -
"стоп-кодоны".
Переведите с помощью
EMBOSS Transeq приведенную ниже последовательность в белок.
Обратите внимание, что фрагмент состоит из 24 мономеров. Сколько
аминокислот в пептиде? Вывод - что обозначает *?
auguacccguauuccagagcauag
Откройте
таблицу генетического кода и
найдите в ней стоп-кодоны. Какие сочетания
нуклеотидов их кодируют?
3. Вырожденность - одна
аминокислота может кодироваться несколькими разными триплетами.
Вырожденность является следствием триплетности кода, т.к. четыре нуклеотида,
взятые по 3, могут закодировать 43 = 64
разных объекта, тогда как аминокислот всего 20.
Убедимся на примере.
Ниже приведены две последовательности нуклеотидов, различающиеся между
собой по 11 позициям из 18. Переведите с помощью
EMBOSS Transeq обе последовательности в белки. Сколько аминокислотных
различий между ними?
1) augucuagauuaggcuca
2)
augagccggcucggaagu
4.
Универсальность - генетический код одинаков для всех
живых организмов на Земле, т.е. в клетке любого
из существ одинаковая последовательность
нуклеотидов будет кодировать ту же аминокислоту
(см. рис. слева внизу).
Впрочем, правильнее утверждать, что генетический
код практически
универсален, т.к. в некоторых генетических
системах (например, в генах митохондрий и
хлоропластов) есть некоторые отличия от
стандартного кода, присущего организмам.
Переведите с помощью
EMBOSS Transeq приведенную ниже
последовательность в
белок, используя основной (Standard)
вариант кода. Запишите полученный белок.
uacagacccauaugcgguacuuga
Вернитесь к стартовой странице
EMBOSS Transeq и откройте список
(красная стрелка на рисунке ниже), а в нем
выберите второй вариант кода - Vertebrate
Mitochondrial (2).
Снова введите в окно для ДНК ту же
последовательность нуклеотидов (или
воспользуйтесь уже введенной, если вернулись на
страницу с помощью "Назад" браузера). Запишите
полученный белок и сравните с полученным ранее.
Поэкспериментируйте с кодами других генетических
систем.
Как Вы думаете, какое значение для организмов
имеет то, что генетический код клеток и
митохондрий различен? Каковы причины этого?
Перевод
одного и того же фрагмента разными кодами
позволяет решить несколько
олимпиадных задач:
1. Полную
последовательность нуклеотидов и-РНК со всеми
кодонам перевести каждым из кодов и построить
филогенетическое древо кодов по полученным
аминокислотным последовательностям (и положению
стоп-кодонов). В результате может получиться,
например, такое
древо (спасибо
Statistica for Windows).
2. Показав
различия между кодами разных генетических
систем, постарайтесь найти подтверждения теории,
по которой исторически более ранним был вариант
кода с двумя значимыми нуклеотидами и
третьим-разделителем.
5. Неперекрываемость: каждый
участок ДНК хранит информацию не более чем об одном белке. Иными словами, если
участок ДНК кодирует белок, то не может кодировать (начиная с какого-нибудь
другого нуклеотида) другой белок.
Переведите с помощью
EMBOSS Transeq приведенную ниже последовательность в белок. Запишите
полученный белок. А теперь попробуйте удалить первые два нуклеотида и получить
другой пептид, представив, что генетический перекрывается... Запишите полученный
пептид и сравните с первым.
uaugcuaagauuccuuucgga
Правильнее утверждать, что генетический код практически
неперекрываемый, т.к. у вирусов, у которых большое количество информации должно
поместиться в небольшом фрагменте, наблюдается двойное, а у фага
f Х 147 - даже
тройное перекрывание (небольшой участок входит одновременно в 3 разных гена).
Что имеет большую массу - белок или кодирующий его структурный ген? Решите
задачу: 1) для глюкагона, состоящего из 29 аминокислотных остатков; 2) в общем
виде - для белка из N аминокислотных остатков (вспомни, какое свойство
генетического кода лежит в основе задачи).
Необходимые табличные данные для решения задачи (напоминание)
Теперь, когда ты стал опытным дешифровщиком, попробуй решить обратную задачу: по
молекуле белка восстановить состав (точнее, один из возможных вариантов -
вспомни, какое свойство генетического кода делает ответ неоднозначным)
Аминокислоты:
Метионин - Аргинин - Лизин - Валин - Триптофан - (стоп-кодон)
Видимо, стОит воспользоваться таблицей
генетического кода.
Ответы на вопрос о кодах:
общем и митохондриальном:
Standard code
MSRLGS
|
Vertebrate
Mitochondrial
MS*LGS
|
Обратитесь к текстовой иллюстрации свойств кода и точковых мутаций (пример взят из
"Основ современной генетики" С.М. Гершензона +
пример
на английском языке из Hocking S. OCR A2 Biology Student Book) - файл Иллюстрация
свойств кода. Придумайте собственную фразу из трехбуквенных слов,
которая бы иллюстрировала все свойства генетического кода);
перекрываемость генетического кода у вирусов; различия в общем и
митохондриальном кодах. Как это можно проиллюстрировать?
|