Моделирование
молекул на компьютере широко
распространено среди ученых и
преподавателей. Существует много
программ визуализации молекул,
работающих под разными операционными
системами. Наиболее распространенной и
удобной как для рядового пользователя,
так и для профессионала является
программа
"RasMol
Molecular Visualisation Program" (см.
БиоСофт,
а также урок "Классификация
белков"). Сами молекулы
можно найти на сайте
PDB
(Банка белковых структур - но там
есть и молекулы нуклеиновых кислот;
для помощи в работе с сайтом см.
Экскурсию по PDB), на сайте www.nyu.edu
(там есть небольшие молекулы - сахара,
нуклеотиды, липиды, витамины); модели небольших
молекул биологически активных веществ
можно найти также на сайте Klotho.
Модели не всех интересных веществ можно
найти готовыми, поэтому и создана эта
небольшая коллекция. Находящиеся в ней
модели созданы в Chem3D и переведены в
формат PDB; для удобства представления выполнены
версии в MoleculeViewer (XYZ).
|
Тетродотоксин
- яд рыбы фугу (иглобрюха), блокатор натриевых каналов мембраны
нейронов (тем самым блокирует
проведение нервного импульса по
нейронам и вызывает паралич дыхания).
На рисунке слева и модели
посередине представлена активная,
ионная форма молекулы, справа -
неактивная незаряженная форма. |
 |
|
Скачать: ttx.pdb (5,52 кб). |
|
Терпены
- производные изопрена С5Н8.
В их молекулах остатки изпрена
соединены между собой, количество
звеньев варьирует от 2-3 (эфирные
масла) до n (каучук, гуттаперча). Из
терпенов (сквалена, 6 изопреновых
единиц) в организме синтезируются
стероиды (например, холестерол).
Подробнее о терпенах - см. статью "Молекулярный
конструктор" (54 кб).
 |
В
архивном файле
coll01.rar (7.3
кб) - терпены, состоящие из 2-3 изпреновых единиц (ментол,
зингиберен, цитраль,
лимонен, туйон -
на рис. слева, входит в состав абсента) |
Трехмерная модель холестерола.
Скачать: cholesterol.pdb (2,14 кб). |
В
архивном файле
coll02.rar (12.4 кб) - терпены, состоящие из 4-8 изпреновых единиц: каротиноиды (каротин,
зеаксантин, астаксантин)
и
ретиналь,
витамин А - на рис. вверху, транс-форма),
а также полимеры изопрена. |
|
|
